La Franche-Comté

À sa mort, Charles le Téméraire ne laisse qu’une fille : Marie de Bourgogne âgée de vingt ans. Cette dernière devient donc l’héritière du puissant État bourguignon. Son père lui lègue un État qui s’étend sur les Pays-Bas et les deux Bourgognes (duché et comté) mais un État en guerre et surtout un territoire sans unité. Le roi de France Louis XI profite de l’opportunité pour occuper les Bourgognes, il propose aussi un mariage avec son fils le dauphin Charles. Mais Marie refuse de s’unir avec le fils du plus grand ennemi de son père. Elle préfère un mari plus puissant : Maximilien d’Autriche héritier des Habsbourg et futur empereur romain germanique. Par cette union célébrée le 19 août 1477, Marie trouve un bon protecteur pour ses États. Mais Louis XI n’entend pas abandonner ses conquêtes si facilement. Il annexe d’abord légalement le duché de Bourgogne car c’était un apanage et, par ce fait, il ne pouvait être transmis aux femmes ; il revenait donc tout naturellement à la couronne de France. Cependant, il n’a pas de droit sur la Franche-Comté. Suivis par le peuple, les nobles comtois se soulèvent : les troupes royales sont contraintes de repasser la Saône. Furieux, Louis XI repasse à l'attaque. Il incendie Dole. D'autres villes comtoises subissent le même sort et près de cent châteaux sont rasés. En 1482, Marie de Bourgogne décède dans un accident de chasse. Cette dernière a pour ses États (Comté de Bourgogne et Pays-Bas) une seule héritière : sa fille Marguerite. Son fils Philippe le Beau devant hériter de l’empire des Habsbourg. Une nouvelle fois, le sort de la Franche-Comté va dépendre d’un mariage. Louis XI reprend espoir. Il obtient l’union entre son fils, le futur roi Charles VIII et la jeune héritière de Bourgogne. La promesse de mariage est entérinée par le traité d'Arras qui donne une Comté vaincue à la France. Après la mort de son père, Charles VIII préfère épouser Anne de Bretagne l’héritière du duché du même nom. Outré par cet affront fait à sa fille, alors âgée de 11 ans, Maximilien de Habsbourg, que ce mariage prive de la Bretagne qui lui était promise, entreprend de reconquérir la Franche-Comté. Charles VIII qui a alors des ambitions en Italie laisse faire. Il accepte même d'abandonner le comté par le traité de Senlis signé en 1493. De fait, les troupes royales sont chassées du sol comtois par les milices de Salins et d'Arbois notamment. La province en sort renforcée.

Article détaillé : Histoire de la Franche-Comté.